Tujuan program AIPHSS adalah memberikan kontribusi terhadap “meningkatnya derajat kesehatan masyarakat miskin dan kurang beruntung di Indonesia”. Fokusnya adalah pada peningkatan akses ke pelayanan kesehatan yang lebih berkualitas dengan menghilangkan kendala finansial dalam mengakses pelayanan kesehatan dasar; serta dengan meningkatkan penyelenggaraan pelayanan kesehatan setempat termasuk menyediakan upaya kesehatan masyarakat dan promosi kesehatan yang efektif.
Terdapat lima hasil akhir program yang diharapkan dapat dikontribusikan oleh AIPHSS dalam rangka mendukung tujuan yang lebih luas:
Kerangka implementasi didasarkan pada empat komponen utama (building blocks) sistem kesehatan sebagaimana diuraikan dalam Agenda Reformasi. Building blocks ini merupakan bidang fungsional yang memandu investasi agar selaras dengan rencana kerja Unit-unit Pelaksana (Implementing Unit/IU) di tingkat nasional dan daerah. Keempat building blocks sistem kesehatan ini adalah:
Kerangka program memastikan bahwa intervensi yang didanai AIPHSS di bawah Agenda Reformasi memberikan kontribusi terhadap pencapaian hasil akhir program. Setiap intervensi dipetakan terhadap kontribusinya pada hasil akhir program dan diteliti dengan menggunakan proses penjaminan mutu termasuk telaah nilai untuk uang (value for money). Keberhasilan diukur sesuai dengan kualitas output (misalnya kebijakan, pedoman, standar dan peraturan, dll.) dan bagaimana masing-masing ouput dilaksanakan oleh Pemerintah Indonesia untuk mencapai hasil antara, seperti sejauhmana:
Perencanaan strategis ditingkatkan dan terdapat peningkatan kemampuan untuk mengidentifikasi kebutuhan sistem kesehatan berdasarkan bukti-bukti.